1) Странное поведение при удалении снапшота. Проверьте, какого типа диски у виртуальной машины. Он не должен быть независимым (independent).
2) Перед любыми операциями с файлами обязательно сделайте копии файлов VMDK.
3) Посмотрите, на какие файлы жестких дисков ссылается виртуальная машина (в свойствах ВМ или файле vmx).
4) Посмотрите из консоли хоста содержимое файла vserver2_1.VMDK и vserver2_1-00001-delta.VMDK. Совпадает ли значение parentCID второго с CID первого?